截止2014年，學(xué)校擁有一級學(xué)科國家重點(diǎn)學(xué)科2個(gè)、二級學(xué)科國家重點(diǎn)學(xué)科4個(gè)（國家重點(diǎn)學(xué)科覆蓋的二級學(xué)科總數(shù)為9個(gè)）；有5個(gè)江蘇省優(yōu)勢學(xué)科，7個(gè)江蘇省一級重點(diǎn)學(xué)科，7個(gè)工信部重點(diǎn)學(xué)科；9個(gè)國家級特色專業(yè)，34個(gè)江蘇省品牌特色專業(yè)，4個(gè)國防重點(diǎn)建設(shè)專業(yè)。

同期，學(xué)校設(shè)有14個(gè)一級學(xué)科博士后流動站，16個(gè)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，30個(gè)一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，具有金融碩士、國際商務(wù)碩士、社會工作碩士、翻譯碩士、工程碩士、工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）、會計(jì)碩士、圖書情報(bào)碩士、工程管理碩士等10個(gè)專業(yè)學(xué)位授予點(diǎn)。

一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)：

兵器科學(xué)與技術(shù)、儀器科學(xué)與技術(shù)、控制科學(xué)與工程、機(jī)械工程、材料科學(xué)與工程、光學(xué)工程、化學(xué)工程與技術(shù)、力學(xué)、信息與通信工程、電子科學(xué)與技術(shù)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、管理科學(xué)與工程、環(huán)境科學(xué)與工程、軟件工程、數(shù)學(xué)、電子科學(xué)與技術(shù)。

一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)：

兵器科學(xué)與技術(shù)、儀器科學(xué)與技術(shù)、控制科學(xué)與工程、機(jī)械工程、材料科學(xué)與工程、光學(xué)工程、化學(xué)工程與技術(shù)、力學(xué)、信息與通信工程、電子科學(xué)與技術(shù)、生物醫(yī)學(xué)工程、化學(xué)、動力工程及工程熱物理、安全科學(xué)與工程、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、工商管理、圖書館情報(bào)檔案管理、電氣工程、土木工程、設(shè)計(jì)學(xué)、交通運(yùn)輸工程、物理學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、管理科學(xué)與工程、航空宇航科學(xué)與技術(shù)、環(huán)境科學(xué)與工程、軟件工程、數(shù)學(xué)、電子科學(xué)與技術(shù)。

兵器科學(xué)與技術(shù)、儀器科學(xué)與技術(shù)、控制科學(xué)與工程、機(jī)械工程、材料科學(xué)與工程、光學(xué)工程、化學(xué)工程與技術(shù)、力學(xué)、信息與通信工程、電子科學(xué)與技術(shù)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、管理科學(xué)與工程、航空宇航科學(xué)與技術(shù)、環(huán)境科學(xué)與工程。

教育部第三輪全國高校學(xué)科評估結(jié)果發(fā)布，南京理工大學(xué)共有14個(gè)學(xué)科參評，3個(gè)學(xué)科排在前10位，其中，兵器科學(xué)與技術(shù)排在第1位。